Bedankt voor uw aanvraag! Een van onze medewerkers neemt binnenkort contact met u op
Bedankt voor uw boeking! Een van onze medewerkers neemt binnenkort contact met u op.
Cursusaanbod
I. Inleiding en inleidende maatregelen
1. Overzicht
- R vriendelijker, R en beschikbare GUI's maken
- Rstudio
- Gerelateerde software en documentatie
- R en statistiek
- R interactief gebruiken
- Een kennismakingssessie
- Hulp bij functies en kenmerken
- R-commando's, hoofdlettergevoeligheid, enz.
- Oproepen en corrigeren van eerdere commando's
- Opdrachten uitvoeren van of uitvoer omleiden naar een bestand
- Permanente gegevens en het verwijderen van objecten
- Good programmeerpraktijk: Zelfstandige scripts, goede leesbaarheid bijv. gestructureerde scripts, documentatie, markdown
- het installeren van pakketten; CRAN en Biodirigent
2. Gegevens uitlezen
- Txt-bestanden (read.delim)
- CSV-bestanden
3. Eenvoudige manipulaties; getallen en vectoren + matrices
- Vectoren en toewijzing
- Vector rekenkunde
- Regelmatige sequenties genereren
- Logische vectoren
- Ontbrekende waarden
- Karakter vectoren
- Index vectoren; Subsets van een dataset selecteren en wijzigen
- Arrays
- Array indexering. Subsecties van een matrix
- Index matrices
- De array() functie + eenvoudige bewerkingen op arrays zoals vermenigvuldiging, transpositie
- Andere soorten objecten
4. Lijsten en dataframes
- Lijsten
- Lijsten samenstellen en wijzigen
- Lijsten samenvoegen
- Gegevensframes
- Het maken van dataframes
- Werken met dataframes
- Willekeurige lijsten bijvoegen
- Het zoekpad beheren
5. Manipulatie van gegevens
- Waarnemingen en variabelen selecteren, subsetten
- Filteren, groeperen
- Hercoderen, transformaties
- Aggregatie, combineren van datasets
- Vormen van gepartitioneerde matrices, cbind() en rbind()
- De aaneenschakelingsfunctie, (), met matrices
- Karaktermanipulatie, stringr-pakket
- Korte introductie in Grep en Regexpr
6. Meer over het uitlezen van gegevens
- XLS- en XLSX-bestanden
- Readr- en ReadXL-pakketten
- SPSS, SAS, Stata,... en andere formaten gegevens
- Gegevens exporteren naar txt, csv en andere formaten
6. Groeperen, lussen en voorwaardelijke uitvoering
- Gegroepeerde expressies
- Controle verklaringen
- Voorwaardelijke uitvoering: indien verklaringen
- Repetitieve uitvoering: voor loops, herhalen en while
- Inleiding tot Toepassen, Toepassen, Toepassen, Toepassen
7. Functies
- Functies aanmaken
- Optionele argumenten en standaardwaarden
- Variabel aantal argumenten
- Toepassingsgebied en de gevolgen ervan
8. Eenvoudige afbeeldingen in R
- Een grafiek maken
- Dichtheid percelen
- Puntdiagrammen
- Bar Percelen
- Lijn diagrammen
- Cirkeldiagrammen
- Boxplots
- Spreidingsdiagrammen
- Percelen combineren
II. Statistische analyse in R
1. Kansverdelingen
- R als een verzameling statistische tabellen
- Onderzoek naar de verdeling van een set gegevens
2. Testen van hypothesen
- Tests over een populatiegemiddelde
- Test van de waarschijnlijkheidsverhouding
- Tests met één en twee monsters
- Chi-kwadraat Goodness-of-fit-test
- Kolmogorov-Smirnov Statistiek met één steekproef
- Wilcoxon Signed-Rank Test
- Test met twee monsters
- Wilcoxon Rank Sum-test
- Mann-Whitney-test
- Kolmogorov-Smirnov-test
3. Meervoudig testen van hypothesen
- Type I-fout en FDR
- ROC-curves en AUC
- Meerdere testprocedures (BH, Bonferroni enz.)
4. Lineaire regressiemodellen
- Algemene functies voor het extraheren van modelinformatie
- Aangepaste modellen bijwerken
- Gegeneraliseerde lineaire modellen
- Gezinnen
- De glm() functie
- Classificatie
- Logistieke regressie
- Lineaire discriminant analyse
- Leren zonder toezicht
- Analyse van de belangrijkste componenten
- Clusteringmethoden (k-gemiddelden, hiërarchische clustering, k-medoids)
5. Overlevingsanalyse (overlevingspakket)
- Overlevingsobjecten in r
- Kaplan-Meier-schatting, log-rank-test, parametrische regressie
- Zelfvertrouwen bandjes
- Gecensureerde (interval gecensureerde) data-analyse
- Cox PH-modellen, constante covariabelen
- Cox PH-modellen, tijdsafhankelijke covariabelen
- Simulatie: Modelvergelijking (Regressiemodellen vergelijken)
6. Analyse van de variantie
- Enkele reis ANOVA
- Tweerichtingsclassificatie van ANOVA
- MANOVA
III. Uitgewerkte problemen in de bio-informatica
- Korte introductie tot het limma-pakket
- Workflow voor microarray-gegevensanalyse
- Gegevens downloaden van GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Gegevensverwerking (QC, normalisatie, differentiële expressie)
- Vulkaan plot
- Custering voorbeelden + heatmaps
28 Uren
Testimonials (5)
how the trainor shows his knowledge in the subject he's teachign
john ernesto ii fernandez - Philippine AXA Life Insurance Corporation
Cursus - Data Vault: Building a Scalable Data Warehouse
Very useful in because it helps me understand what we can do with the data in our context. It will also help me
Nicolas NEMORIN - Adecco Groupe France
Cursus - KNIME Analytics Platform for BI
I genuinely enjoyed the hands passed exercises.
Yunfa Zhu - Environmental and Climate Change Canada
Cursus - Foundation R
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Cursus - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Richard's training style kept it interesting, the real world examples used helped to drive the concepts home.
